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<トンイの生い立ち>
大司憲や南人派が次々と襲われ、疑いは賎民の秘密組織「剣契」へと向けられる。身分は低いが優れた検視官のチェ・ヒョウォンが首長として率いる剣契は、両班に虐げられる民を逃がす手助けをしていた。だが事件の本当の黒幕である南人派の重鎮オ・テソクの罠にはまり、真実に気づきかけた副題学のソ・ジョンホを手にかけた罪まで着せられ、首長と息子ドンジュ、その友人チャ・チョンスら大勢が命を落とした。
ソ・ジョンホの息子ソ・ヨンギは、心の友チェ・ヒョウォンの悪事を知って驚愕。チェ・ヒョウォンの幼い娘トンイは、息絶える直前の大司憲から偶然にダイイングメッセージである手信号を見せられており、同じ仕草をする宮女を市場で見かける。ソ・ヨンギに伝えようとするも叶わず、追われる身となって姿を消した。ソ・ヨンギはトンイが死んだことにして捜査を終わらせる。宮女を探したいトンイは、兄を愛していた妓生ソリの助けで掌楽院の奴婢になった。
<オクチョンとの蜜月>
6年後、南人派を後ろ盾とするチャン・オクチョンの再入宮に、西人派や大妃(明聖王后)が反対しており、オクチョンのために開かれた演奏会で不吉な「音変」が起こる。あの宮女が落とした鍵牌の手がかりを探していたトンイは、編磬匠の遺体を目撃。一人で調べるうち、漢城府の判官を名乗る粛宗と出会い、音変のからくりに気づく。音変が西人派の仕業と知ったオクチョンは、証拠を大妃に「贈り物」として渡した。手柄のあったトンイには褒美が下賜されることになり、トンイがオクチョンに鍵牌を見せてもらうと、違うものだった。
オクチョンの母ユン氏の命令で、トンイが懐妊薬をオクチョンの住む就善堂へ届けた。その直後に薬房の医員が殺され、王妃(仁顕王后)の薬への毒混入疑惑も発生した。取り調べでトンイは就善堂との関係を隠し通し、父ゆずりの知識でオクチョンの潔白を解明。再び会った判官姿の粛宗に知らせた。トンイの能力を認めたオクチョンの頼みで、トンイは監察府の宮女と昇格。大妃と通じるユ尚宮がトンイの追放を企むも、トンイの一途さはチョン尚宮たちの心を動かし、試験にも合格する。
オクチョンが正式な後宮となり、兄チャン・ヒジェやオ・テソクら南人派が勢力を握った。トンイは父たちと共に海に消えたチャ・チョンスと再会を果たす。ある日、清国使臣団に潜む朝鮮人密輸商を探るため、慕華館に監察宮女が潜入。しかし使臣に気づかれ、逃げる途中でトンイは粛宗の正体を知る。粛宗は使臣にトンイを渡さず、トンイが解いた暗号で密輸の証拠を押さえた。死んだと思われていた商人が生きていることもトンイが解明する。
<オクチョンとの対立>
王子を産み禧嬪となったオクチョンは、容態が急変した大妃の処方を細工したのが兄ヒジェと知り、自分をめぐる悪事に衝撃を受ける。王妃を不利にする証言や証拠を受けて、南人派が廃妃を要求。チャ・チョンスとトンイは王妃の無実を示す証拠を入手するが、大妃が逝去し、王妃は宮殿から追放された。この件をきっかけにオクチョンはトンイを敵視する。内需司から南人派への資金の流れに気づいたトンイがソ・ヨンギに報告するが、別件の解決まで調査を待てと粛宗が命令。オクチョンたちは、帳簿を求めてトンイが忍び込んでいた記録保管庫を燃やした。新しい王妃にはオクチョンが冊封された。
火の手から逃げたトンイは義州で暮らし、知り合った儒生シム・ウンテクと共に、チャン・ヒジェが世子認定と引き換えに『謄録類抄』を清に渡そうとしていることを掴む。ソ・ヨンギとチャ・チョンスは粛宗の密命を受けてトンイを探しており、トンイの存命を知ったチャン・ヒジェからトンイを救う。都に戻るトンイに、シム・ウンテクがすり替えて入手した『謄録類抄』を渡す。形勢逆転をはかりたいオクチョンは、みずから服毒。疑いを廃妃へ向けた。
ムスリとして宮殿に潜り込むもトンイは再び終われる身になった。その夜、宮殿の外でトンイを偶然見つけた粛宗は、衰弱したトンイを私家にかくまい、ソ・ヨンギを内禁衛将として復職させ、王妃毒殺未遂事件を再調査させた。洗踏房でオクチョンの服を見たトンイは事件が自作自演の可能性を示す。そこで粛宗たちは、内需司の帳簿が土の中から見つかったという噂を流し、行動を起こしたチャン・ヒジェを捕らえた。すると南人派がトンイの命を狙い始めたため、粛宗はトンイを承恩尚宮に昇進させることで安全を確保。南人派の反対を抑えることを条件に、オクチョンが粛宗にチャン・ヒジェの解放を迫る。
宮殿内に疫病が蔓延し、世子を狙っているとして疑われたトンイは、宮女の白粉にユン氏が鉛を入れていると解明。ところがオクチョンは真相を自分の手柄のように粛宗に報告し、母の関わりも隠し、トンイの身元書類を提出させるために後宮蝶紙を与える。しかしトンイの正体を知ったソ・ヨンギが粛宗に上手にごまかした。次にオクチョンは、清国の使臣に渡す本物の『謄録類抄』をトンイの部屋から奪わせる。予期していたトンイたちは、チャン・ヒジェが清国側に渡す現場を押さえ、部屋への侵入も薬草を使って証明する。オクチョンは王妃から禧嬪に降格され、仁顕王后が復位し、トンイも正式な側室となった。
<母になったトンイ>
消滅したはずの剣契が次々と両班を狙い、かつての大司憲の息子チャン・ムリョルが事件担当になる。彼は公平無私を装い、実はオクチョンと通じていた。トンイは大司憲の手信号が「南人派オ・テソク」と解読。オクチョンが鍵牌の持ち主であることも確認した。同じ頃、チャン・ムリョルはトンイの正体に気づき、剣契の新しい首長とトンイの密会現場を粛宗に見せる。粛宗は調査を中止させてかばい続けるが、トンイの産んだ永寿君が早逝したのを区切りに事件を収束させた。トンイは宮殿を出て私家で延礽君クムを出産した。
6年後、世子が子供を作れない身体であることをオクチョンは必死に隠していた。粛宗は判官を名乗って延礽君と交流を続け、粛宗の想いを知ったユン氏がトンイの私家に放火させると、6年間ひそかに護衛していた兵が現れた。粛宗はトンイを再入宮させる。ある日、延礽君が庭で王妃を呪う品々を発見。やがて王妃が逝去し、ソ・ヨンギらはチャン・ヒジェと巫女の関係や、世子の病を知る医女を狙ったことも突き止める。トンイはオクチョンに和解を申し入れるが、粛宗がトンイを「嬪」に昇格させ、チャン・ムリョルが医女をソ・ヨンギに差し出したことから、オクチョンは和解を拒否。延礽君を追い詰め始める。思い悩んだ世子は粛宗に自分の病を告白。そんな折、ユン氏の悪事が露呈。オクチョンは東宮殿を燃やし、その隙に延礽君を狙わせるが、失敗に終わる。全てを認めたオクチョンに粛宗が賜薬を下した。
新しい王妃(仁元王后)に、早速チャン・ムリョルが近づく。王妃は延礽君の婚礼を命じるが、結婚して私家で暮らせばまた命が狙われるため、トンイは「王家が漂う場所」と噂される屋敷に住むソ・ジョンジェの娘との縁談をまとめる。噂をしずめるためにソ家の大木を切ろうとしたチャン・ムリョルをチャ・チョンスが捕らえ、延礽君の出宮を延ばす提案をさせた。
世子の後に延礽君が王になれば二人とも守れるとトンイに説かれた粛宗が、譲位を計画。延礽君を世弟にしたくないチャン・ムリョルは、外出した世子のそばで火薬を爆発させ、トンイの仕業に仕立てる。しかしだまされていたと気づいた王妃の命令で捕らえられ、トンイの機転で見張られていたチャン・ムリョルの仲間も次々に処分された。王妃は延礽君を守るために自分の養子にすると提案し、粛宗は譲位を撤回した。宮殿を出たトンイはイヒョン宮で貧しい民の相談に乗りながら暮らし、賢君・英祖の生母として名を残した。